عمده‌ترین چالش و مشکلی است که صادرکنندگان و فعالان تجاری ما با آن دست‌وپنجه نرم می‌کنند. وضع عوارض، تعداد بالای بخشنامه‌ها، ممنوعیت صادرات برخی کالاها و استفاده نامناسب از ابزار سامانه جامع تجارت نیز از دیگر چالش‌ها و مسائل پیش روی صادرکنندگان است.